科技部在3月初上路，首任部長張善政就任時表示，科技部的施政重點在於鼓勵研究卓越與創新、加強產學鏈結、培養務實研究人才、紓解產學落差、調和科技與人文，以及深化科技在文化創作與普及應用。在這樣的施政重點中，學界創新能量的有效累積，並有效地對人才、社會文化及產業產生貢獻是其關注的焦點。
其實，回顧過往台灣科學技術及創新政策的演進，可以發現自1996年第五次全國科學技術會議，參考美國「拜杜法案」智財權利下放精神，確定制定「科學技術基本法」起，對學界研發創新能量的相關政策重點，即開始朝對社會及產業方向關注，不再僅重視學術研究與教育。在1999年總統公布該法並實施後，為達落實，誘發學界能量有效對產業產生貢獻，國科會、教育部及經濟部都分別不斷地提出各種政策，期能縮短人才「學用落差」，促進「產學合作」有效發揮學界創新能量。既然十餘年來，促使學界創新能量有效發揮一直是政策重點，未來該如何再精進以強化政策有效性？將會是新上路的科技部所應該關注的問題。
十餘年來，各部會以促進產學為理由的政策，早已令人眼花撩亂。以國科會所推出的產學合作政策為例，除依科學技術基本法制定「歸屬辦法」，鼓勵所屬機構成立「技轉中心」等中介機構外，也設置各類的補助管道，這些補助從單純促進產學合作，如「大產學」、「小產學」之外，還有國家型計畫延伸出的「橋接產學合作」，以學界成果出發的「萌芽計畫」，也有以三個科學園區為補助標的的前瞻材料設備之產學合作；在金融海嘯期間，提出所謂「固本精進方案」；呼應李家同的「深耕工業基礎技術」理念，推出學界「強化工業基礎技術發展方案」補助。在這些多元的計畫下，國科會朱前主委敬一更提出所謂的「創新產學合作計畫」，完全忽略過去的補助機制，重新推出「前瞻技術產學合作計畫（產學大聯盟）」、「產學技術聯盟合作計畫（產學小聯盟）」及「應用型研究育苗專案計畫」等。
這林林總總多元管道的補助計畫，雖然提供多元資源促進產學合作，但許多計畫也使參與的產、學兩端都眼花撩亂，同時國科會也需要投注相當的管理成本，避免出錯與投訴。事實上，這些計畫到底對銜接產、學有何作用？對產業形貌的影響與轉變為何？如何才能更為精進有效產生影響？在現行的計畫管理模式下，也非常不容易進行評估與檢討。
美國拜杜法案的精神，重視高教的研發創新能耐，目的還是期待能為社會經濟帶來創新的影響力量。拜杜法案之前，多數政府補助高教的研究成果屬於政府部門，在政府部門缺乏動機、技術商業化相關能力下，導致高教的創新能量無法有效發揮。拜杜法案的智財權利下放，提供了學校及教授從事技術商業化並獲利的動機，同時在美國活絡的企業創新動能引導下，為美國優質的民間高教體系引進並累積豐厚的技術商業化能耐。
相對於美國的優質民間高教體系，台灣的高教體系十餘年來，雖然也有科學技術基本法的智財權利下放，但同時因為高教體系的持續擴張（依教育部統計，一般大學從1996年的24所，快速擴張到2012年的120所），影響了整體高教體系的品質。後來，為協助改善此現象，政府建立了「大學校院校務評鑑」制度，更挹注「五年五百億計畫」及「卓越教學計畫」等等特殊經費，嘗試引導大學及教授們的行為，以提高高教品質等等的結構性政策。然而，這些結構性政策，基本上仍以學術與教育為主，對大學的行為影響程度，恐怕大過於科學技術基本法的影響。畢竟高教體系的經費來源、評鑑與升等機制等等，都直接影響到大學的存活，也影響到教授們的切身生計與利益。
傳統上，我國高教體系以學術研究卓越及培養人才為核心目標，「象牙塔」是對大學的一般印象，對於企業及產業發展需求的了解與能力本來就相對較弱。五年五百億計畫、卓越教學計畫及大學校院校務評鑑持續讓大學及大學教授維持在藉著學術論文衡量績效的舒適區。亦即，對各大學及大學教授而言，雖然各部會提供各項促進產學合作補助方案，但是撰寫學術論文，對他們來說，還是比從事技術商業化、創業及協助業者來的容易些。
熊彼得的創新經濟原理認為：以創業精神(entrepreneurship)為基礎的動機及足夠的專業能力，才應該是促進科技研發能力，能夠有效對社會經濟產生貢獻的基本要件。
根據台經院所進行的調查研究，發現到過去幾年間台灣進行產學合作及技術移轉績效比較好的大學，校方提供給大學教授的機制有著幾種特性—提供教授進行產學合作與技術移轉獎勵、升等點數、抵減授課時數、設置產學合作獎項，同時也提供智財相關訓練。另外，為了協助有效地符合實務上的需要，於平衡教授在學術及產學貢獻的誘因及協調教授與業者間的利益方面，產學與技術移轉表現較佳的學校，對於相關機制的檢討與修正都相較於其他一般學校更為頻繁。而這些現象，其實就是呼應熊彼得的創新經濟原理。由於台灣的大學教授協助產業的動機與能力都有所不足，在制度上必須積極的調整，才能足以引導誘發相應的創業精神。
對照美國拜杜法案的精神與熊彼得的創新經濟原理，新成立的科技部如果要協助推動學界創新能量對產業的有效發揮，恐怕得跳脫過往單純以經費補助、設置平台提供資源的作法，除了必須要從制度面引導各大學調整機制外，更必須提高教授們累積產業相關能耐的動機，以及累積產業界相關知識與能力，同時必須要整合調整現有多元的補助管道，重新建制計畫管理系統，協助高教體系發展出有效促進技術商業化的中介體系，降低產學之間的訊息落差。整個體系，必須朝著提高有效產學合作移動的意願、動機與能力，降低體系內的資訊不對稱，避免有能力的教授們停留在學術的舒適區，才有可能大幅扭轉高教體系的方向，有效發揮學界創新能量。