科技研發是知識經濟發展之基礎，我國憲法規定教科文預算優先編制，2012年科技預算約占GDP的2.9%，在政府組織改造後希望可以將目前科技預算提高至少占GDP 3%。但以目前國家財政困難情形下，科技預算的執行成效對於我國經濟發展之貢獻與民生福祉之提升有必要重新審視，並檢討其資源運用之效率與分配合理性。
我國自2002年起投入之研發經費年均成長率皆在7%以上，然部分研發投入和產業的生產力卻未出現密切連結，某些主流產業的附加價值率甚至有逐年下降情形，遂有導入前瞻型科技開發計畫、吸引跨國企業來台設置區域研發中心、推動研發聯盟與大學研發中心開發產業核心技術等加強技術創新之議。而針對跨領域、跨部會的重大社會經濟與民生科技課題，則透過「國家型科技計畫」結合上、中、下游研發資源謀求解決，自1997年正式啟動以來，迄今已導入九個「國家型科技計畫」。2003年起部分國家型科技計畫明確肩負推動重點產業科技、創造新興科技產業的任務。「國家型科技計畫」具有預算優先權，歷年經費規模約在新台幣110~127億元，占當年度政府科技計畫預算約15~20%之間，其執行之成效對我國科技發展，將會產生深遠的影響。
國家型科技計畫之推動可產生學術成就、經濟效益及社會影響等多方面之綜效，打破傳統領域之藩籬以整合各領域研發能量、促進技術創新，並對我國產業發展或國民福祉產生重大影響。目前所推動之國家型科技計畫概分為經濟類、生技類及民生類等三種類型。其中，經濟類國家型科技計畫（電信、晶片系統及奈米等三項）均為推動經濟發展之重要技術，並為促進產業轉型之關鍵；生技類國家型科技計畫（農業生技、生技製藥及基因體醫學等三項，其中農業生技於2008年底退場）涉及前瞻分子生物技術，並與國民健康息息相關；民生類國家型科技計畫（防災、數位典藏及數位學習等三項，其中，防災部分於2006年底執行完畢，數位典藏及數位學習自2008年起整合為一）係與居家安全、國民教育、社會文化密切相關。
根據2004~2008年國家型科技計畫各年度基準報告與成果摘要報告，顯示經濟類國家型科技計畫之平均年度投入金額約為新台幣22.7億元，明顯高於生技類（11.6億元）與民生類（6.8億元）；因此經濟類國家型科技計畫之產出明顯高於其他兩類國家型科技計畫。然而，光是執行成果之統計，而沒有比較之基準，是難以對科技計畫之執行成效作論斷，尤其計畫投入規模不同、不宜直接比較其產出，因此以生產力及效率指標轉換成相同的單位投入，來衡量國家型科技計畫（其中農業生技於2008年底退場轉成農業生物技術產業化方案）之執行產出成果，結果發現「技術移轉金額∕件數」不論以經費效率或是每人生產力來分析，與其他國家型科技計畫相較，農業生物技術產業化方案表現在2009~2010年排名都是前三名。
而從另外一項看科技研發投資之潛力指標就是學術研究表現，在我國學術機構升等評鑑制度下，我國教授或研究人員在近幾年論文發表數量大幅成長，但僅以論文數量是無法反映其對科技發展之後續影響，因此以論文被引用情形（論文品質）來反映出學術研究之水準。根據國科會資料顯示，2009年我國所有學科領域只有農業科學(1.15)超過世界平均水準，其次是動植物科學(0.96)最接近世界平均水準，其他領域論文品質都尚未達到世界平均水準（低於1）。近十年我國農業科學表現相對全球影響力都在0.9以上，顯示我國農業技術的相對優勢。
OECD於2009年國際未來計畫提出「2030生物經濟」政策，為達成環境保護與永續發展之目的，生物科技研發資源應該增加配置在農業領域之應用，未來生物科技主要貢獻應在農業領域（不只是醫藥領域）。未來能源密集經濟活動逐漸減少的趨勢下，藉由生命科學與生物技術快速進展，基因資訊在農業新品種開發、糧食生產、食品營養、預防保健、環境復育、再生材料等方面均有廣泛運用；農業科技的發展也可與資訊通訊科技、文化創意、休閒觀光、綠色能源、環保化工領域相結合。我國科技資源儘管投入在農業遠不如其他領域，但不論是從過去科技研發成果產業化效率或是未來科技發展之潛力指標來看，都以農業領域表現最佳。因此，我國政府組織再造之相關部會，如何運用科技研發資源、創造知識整合新產業、維護環境永續發展、發揚我國農業的光榮是重要課題。